所谓生物肥，主要利用的养分物质是养分和质，肥料又同时兼有微生物肥料和肥肥料的双重作用，但在肥料的本质上还是属于肥，它只不过是在物料进行无害化处理、发酵腐熟过程中以及物料腐熟后添加了一定量的有益微生物，并通过有益微生物的发酵繁殖，加速物质的分解转化，并与土壤中原有的有益微生物互相促进、相互作用，形成微生物菌群，一方面可以为土壤补充多种被消耗掉的养分和质，促进土壤中被固定磷、钾等养分的释放和转化，提高土壤的肥力和缓冲性，一方面可以疏松熟化及改良土壤、促使土壤更好的形成团粒结构，另一方面可以有效的抑制或灭杀土壤中的有害微生物病菌，改善作物根际的微生物群环境；再一方面生物肥中特定的功能菌，在繁殖代谢的过程中能够分泌出对作物生长有利的抗生素和激素，既能增强作物的抗逆防病能力，又能刺激作物的生长。

生物肥虽然属于肥的一种，但它比普通肥更安全、更高效、养分含量更高：

一方面，生物肥是经过充分腐熟和除臭处理的，所以它没有农家粪肥、沤肥、堆肥或普通肥等所散发的恶臭味儿，基本上属于无气味儿的状态，有些品质较好的反而会散发出一种特有的芳香味儿；一方面，生物肥在腐熟过程中把充分灭杀物料中绝大部分的病菌、虫卵、害虫等，杀菌虫卵率可以达到95％以上，所以使用到土壤中后一般不像肥那样容易诱发发生作物病虫害；一方面，因为生物肥是完全腐熟的肥料，所以可以直接使用到土壤中，也不用担心在土壤中发酵腐熟而造成作物烧根或烧苗问题；另一方面，生物肥不是采用普通肥生产过程中的高温烘干工艺，所以肥料中的养分流失率更低、养分含有量更高；再一方面，目前大部分生物菌肥生产企业在对原料发酵处理后，都会对遴选的特定功能菌进行复配定形，在产品类型上既有粉末状的，也有利用滚筒或挤压工艺进行重新造粒的，大家在购买时需要注意下。

此外，生物肥与普通明显的差别是肥料中含有一定量的有益微生物，物料腐熟过程中常用的腐熟菌种主要有放线菌、乳酸菌、光合菌、酵母菌、木霉菌、青霉菌等，物料腐熟后添加的功能菌种主要有乳酸菌、放线菌、光合菌、固氮菌、溶磷菌、假单胞菌、硅酸盐菌等——微生物菌种的遴选和使用，是生物肥产品的技术核心和卖点，但需要掌握一定的发酵工艺，目前生物菌肥常用的生产工艺主要有平面条垛堆置发酵法、平地堆置发酵法、槽式好氧发酵法、密封仓式发酵法等。